Agent Jay ist nach fünf Jahren harter Arbeit zum Top-Agenten bei den Men in Black befördert worden. Doch für seinen neusten Fall braucht er die Hilfe seines früheren Partners Agent Kay, der jedoch mittlerweile im Ruhestand ist und keinerlei Erinnerungen mehr an seine Zeit bei der Geheimorganisation hat. Es gilt nun, Agent Kay aufzuspüren und seine Erinnerung mittels einer Deneuralisation zurückbringen - denn die aktuelle Mission hat es in sich. Ein kylothisches Monster ist in der Gestalt des Supermodels Serleena auf die Erde gekommen, um das "Licht von Zartha" zu finden, dass vor 25 Jahren von den Zarthanern auf der Erde versteckt wurde. Einzig der damals zuständige Agent könnte wissen, wo sich das Licht befindet: Agent Kay. Das alte Team verbündet sich erneut, um das Schicksal der Menschheit zu retten...